Aí começam as especulações. “É provável que, durante uma reforma no templo, o rei Josias a tivesse colocado sob um barracão de materiais para preservá-la”. Mas nenhum vestígio da arca foi achado em Jerusalém ou em qualquer cidade próxima. A ausência de relatos posteriores a Josias dá margem a muitas outras hipóteses e lendas. Uma delas é baseada em antigos escritos hebreus que sustentam que a Arca foi escondida por Jeremias no Monte Nebo, margem oriental do Rio Jordão. Também por lá, nem sinal do objeto. Escavações de 1981 derrubaram a hipótese de que ela esteja enterrada em grutas próximas ao Mar Morto. Uma visão ganha popularidade com o livro Em Busca da Arca da Aliança, do britânico Graham Hancock. De acordo com ele, a arca teria sido levada de Jerusalém para Etiópia por Menelik, fruto de Salomão com a rainha de Sabá.
Já o Instituto do Templo de Jerusalém, organização judaica ultra-ortodoxa dedicada a reconstruir o edifício original, diz que a Arca está embaixo do primeiro templo e será revelada a tempo – quando ele for reconstruído